Bei Tätigkeiten mit Biostoffen fallen feste, flüssige und gemischte Abfälle an. Ungefährliche Abfälle der Schutzstufe 1 bzw. Risikogruppe 1 können ohne Vorbehandlung und Desinfektion über den Ausguss oder über den Hausmüll entsorgt werden.
Kann das Auftreten von Biostoffen der Risikogruppe 2 nicht ausgeschlossen werden, sind die Kulturen, Abfälle und Abwässer in geeigneten, gekennzeichneten und von außen desinfizierbaren Behältnissen gesondert zu sammeln. Sie müssen vor der Entsorgung im Autoklav oder Dampfdruckkochtopf sterilisiert werden. Der Erfolg der Hitzesterilisation ist abhängig von Temperatur und Druck. Die Funktionsfähigkeit der Sterilisationseinrichtung muss vor der Verwendung oder mindestens einmal jährlich nachgewiesen werden. Dies erfolgt mithilfe von sporenbildenden Teststämmen, z. B. mit im Handel erhältlichen Bacillus-subtilus-Versuchsstämmen. Das im Handel erhältliche Autoklavierband ist als Nachweis für den Sterilisationserfolg nicht geeignet.
Der Autoklav und der Dampfdruckkochtopf sind nach Herstellerangaben zu verwenden. Eine Betriebsanweisung ist für die sichere Verwendung zu erstellen und an die örtlichen Gegebenheiten der Schule anzupassen. Die Anwender sind vor der ersten Verwendung entsprechend zu unterweisen.
Auch Werkzeuge oder Werkzeugteile wie scharfe Schneidekanten von abgebrochenen Klingen, Skalpellen, zerbrochenem Glas sowie spitze Kanülen, Präpariernadeln und Glasspitzen können bei Tätigkeiten mit Biostoffen kontaminiert werden. Um Schnittverletzungen und das Eindringen von Biostoffen in den Körper zu verhindern, müssen diese Abfälle, dort wo sie anfallen, in durchstichsicheren und fest verschließbaren Abfallbehältnissen gesammelt und anschließend entsorgt werden.
Die mit Biostoffen der Risikogruppe 2 behafteten Abfälle müssen als biologisch kontaminierter Abfall gesammelt und vor der Entsorgung autoklaviert bzw. inaktiviert werden. Für die Sammlung und Desinfektion von Spritzen eignen sich spezielle Sammelbehälter für Spritzen und Kanülen des medizinischen Bedarfs. Bei Gefahrstoffen sind die Hinweise zur Entsorgung aus der Chemie zu beachten.